Если кто-либо из его окружения пренебрегал своими административными и служебными обязанностями, использовал свое положение для личного обогащения, препятствовал осуществлению высших политических, династических или религиозных целей короля, то Филипп без колебаний лишал его должности и удалял от двора, подчас показательно. Так, своего тогда единственного наследника, дона Карлоса, который был психически тяжело болен и попал под подозрение в сотрудничестве с нидерландскими повстанцами в 1568 году, Филипп в конце концов изгнал. Вскоре после этого дон Карлос скончался, что спасло Филиппа и Испанию от назревавшего глубокого внутри внешнеполитического кризиса.
Внимательно следил монарх и за развитием духовенства и церкви в Испании, призывая или принуждая их к реформам. Король обладал правом выдвигать кандидатов на епископство и тем самым мог оказывать существенное влияние на церковь, нередко конфликтуя на этой почве с папой. Филипп реформировал испанскую структуру епископств, разделив Кастилию на 5 архиепископств и 30 епископств, а Арагон соответственно — на 3 архиепископства и 15 епископств. В незатронутой Реформацией Испании, вызвавшейся распространить христианство в Новом Свете, а также укрепить католическую реформу и Контрреформацию в Европе, духовенство, поддерживаемое королем Филиппом, излучало мощные импульсы к созданию мировой католической церкви.
Испанские богословы в большинстве своем положительно восприняли Триентский собор 1564 года, ставший предвестником церковного обновления. Как следствие. Филипп претворил в жизнь его решения в своем королевстве, опираясь на испанский клир, объединявший в своих рядах приблизительно 90 000 представителей белого и черного духовенства. Мотивируя свою имперскую политику служением Богу и церкви, королю к тому же удалось использовать финансовые ресурсы испанской церкви, требуя от нее все более крупных пожертвований. Принцип «государственной церковности» не оставлял никаких сомнений в главенстве светской власти и государства над церковью в Испании, которое Филипп отстаивал, даже противодействуя интересам папы.
Империя Филиппа могла добиться впечатляющего превосходства, если надо было сконцентрировать ресурсы ее широких просторов против одного врага, но мощи Испании явно не хватало, если против Филиппа одновременно направляли свои силы несколько врагов, таких как Англия, Франция, восставшие Нидерланды, протестанты в Германии и турки. Поэтому для его внешнейполитики характерным было стремление как можно дальше развести потенциальных противников и зоны конфликтов. Отчасти это Филиппу II удавалось: в 1557 году он одержал важную военную победу над Францией, заключил в 1559 году Като-Камбресийский мир и на долгое время избавился от серьезного соперника, которого в последующие десятилетия к тому же лихорадили внутренние кризисы. Так Испания Филиппа смогла подняться до положения гегемона в Европе, которое утратила лишь в ходе Тридцатилетней войны. Мир 1559 года был скреплен третьим браком Филиппа — с Изабеллой Валуа Французской.
Важным направлением внешней политики Филиппа являлись отношения с австрийскими Габсбургами. Четвертый брак Филиппа в 1570 году с дочерью императора Максимилиана II, Анной Австрийской, прежде всего должен был гарантировать, что при наследовании владения в Испании и Империи останутся в руках Габсбургов, так как у Филиппа все еще не было наследников. Поэтому с 1564 по 1571 год король воспитывал при своем дворе двух сыновей Максимилиана II — Эрнста и будущего императора Рудольфа II. Однако за десять лет брака Анна родила пять детей; сначала одна за другой появились на свет четыре девочки и только потом — столь долгожданный для Филиппа наследник.
Выдающимся историческим событием стала победа Филиппа в союзе с папой и Венецией над турками в морской битве у Лепанто в 1571 году, которая, впрочем, не ликвидировала османскую угрозу. При поддержке императора Рудольфа II Филиппу удалось добиться важного успеха в Империи, когда его войска вмешались в спор об архиепископстве Кельнском и тем самым в 1583 году окончательно обеспечили закрепление на этом важном фланге Нидерландов католиков Виттельсбахов. Величайшим внешнеполитическим успехом Филиппа было вступление в 1580 году на португальский трон. Тесные, бесконфликтные отношения с Португалией лежали в основе имперской политики Карла V и Филиппа II. Этому служили оба брака с португальскими принцессами. После смерти в 1578 году короля Себастьяна Португальского семейные связи послужили законной основой для испанских притязаний на наследование престола в этой стране, в скором времени удовлетворенные Филиппом силой оружия. Теперь он стал королем всего Иберийского полуострова, но, что еще важнее, — обширных португальских владений, прежде всего в Африке, а также в Азии и Южной Америке. Таким образом 53-летний Филипп поднялся на вершину своего могущества.
Но внешнеполитические успехи Филиппа с середины шестидесятых годов стали блекнуть в результате бунта в Нидерландах.
Реформаторская политика Филиппа ограничивала местные свободы и в первую очередь дворянские привилегии, чем вызвала в шестидесятых годах волнения, провоцируемые поначалу дворянством. В начале семидесятых, когда испанский наместник герцог Альба попытался осуществить цели Филиппа с провокационно чрезмерной строгостью ввел 10-процентный налог с торговых сделок, алькабалу, чтобы финансировать расходы на военные операции в Нидерландах за счет самой страны, страну вновь всколыхнула волна недовольства.
В 1576 году, после того как взбунтовавшиеся испанские войска, не получившие из-за острого финансового кризиса в Испании жалованье, выразили свое недовольство, в частности разграблением Антверпена, восстание получи-ло поддержку нидерландских католиков. Несмотря на огромные финансовые и военные затраты, на драконовские меры герцога Альбы и военные успехи присланного в восьмидесятые годы наместником Алессандро Фарнезе, Филипп не смог долго сдерживать восстание в Нидерландах. В конце концов в 1581 году с помощью Франции и Англии северные провинции обрели независимость. Казалось, военному конфликту не будет конца.
Неудача Филиппа в Нидерландах тесно переплетается с провалами его английской политики и, не в последнюю очередь, с войной против Франции 1590 года. После смерти английской супруги, Марии Тюдор, Филипп тщетно пытался устроить свой брак с ее сводной сестрой, новой королевой Англии, Елизаветой. После 1559 года при Елизавете Англия окончательно стала протестантской. В 1570 году Папа Пий V отлучил английскую королеву от церкви. Поэтому Филипп чувствовал себя обязанным вернуть Англию к старой вере. После поражения в шестидесятые годы поддержанного им католического повстанческого движения в Англии и открытых столкновений между Испанией и Англией в последующие годы, за океаном и в Нидерландах, Филипп решился на вторжение на остров. Был отправлен испанский флот, Армада, которая, однако, в 1588 году была разбита у британского побережья.
Несмотря на поражение и связанные с подобными мероприятиями огромные расходы, спустя два года Филипп предпринимает военную интервенцию против Франции. Прежде всего он опасался, что после вымирания королевского дома Валуа, там утвердится гугенотское королевство Генриха IV Наваррского, и выдвинул притязания на французский трон от имени своей дочери от брака с Изабеллой Валуа. Почти до самого конца жизни вел Филипп войну во Франции, которая, разумеется, заключила мощные союзы с Англией и восставшими Нидерландами. Вервенский мир 1598 года лишь восстановил статус-кво 1559 года; об осуществлении притязаний на трон говорить не приходилось.
Внешняя политика и войны Филиппа неоднократно истощали финансовые ресурсы его стран. Четырежды — в 1557, 1560, 1575 и 1596 годах — Филипп II был вынужден объявлять о неплатежеспособности государства. Истощение финансов представляется тем более драматичным при небывалом росте доходов во время правления Филиппа, которые, впрочем, так и не сравнялись с расходами. В общей сложности ввозимые благородные металлы дали ему примерно 65 миллионов дукатов, причем в конце правления он получал в год в 12 раз больше, чем в начале Источникам дополнительных нерегулярных доходов являлась также продажа должностей, главным образом на местном уровне, равно как и торговля дворянскими титулами. Регулярный годовой доход возрос приблизительно с 3 миллионов дукатов в 1559 году до более чем 10 миллионов дукатов в 1598 году. Налоговое бремя на среднего кастильского налогоплательщика за это время увеличилось примерно на 430 процентов.