Кромвель избран в Долгий парламент, он переезжает в Лондон. Первое выступление его в палате общин — это требование свободы арестованному за распространение пуританской литературы Джону Лилберну. Речь его возымела действие, и Лилберна с другими узниками вскоре отпустили на свободу. В другой раз Кромвель выступил против привилегий епископов настолько страстно и резко, что его заставили извиниться за непарламентский язык.
С началом гражданской войны между парламентом и королем Кромвель вступает в парламентскую армию в чине капитана и начинает собирать отряд кавалеристов среди своих земляков в Хантингдоне и Кембридже. В сентябре 1642 года у него в отряде уже 60 добровольцев. Этот отряд участвует в первых битвах, и Кромвель видит, что для победы над королем нужна совсем иная армия, дееспособная, сплоченная, воодушевленная высоким идеалом. Он набирает в свой отряд честных пуритан, ненавидящих королевский произвол и готовых положить жизнь за правое дело. Оливер сам обучает новобранцев быстро заряжать мушкет, правильно держать пику, перестраивать ряды, слушаться команды. Он учит их безоговорочному подчинению слову командира и беспощадности в бою. К. январю 1643 года парламент жалует Кромвелю чин полковника. Свой полк он разбивает на отряды и во главе каждого ставит командира — извозчика, сапожника, котельщика, корабельного шкипера. Это неслыханно для тех времен командирами всегда назначались люди из высших сословий.
Но Кромвель непреклонен. К марту 1643 года полк насчитывает уже около двух тысяч всадников.
Самое ужасающее впечатление на роялистов производило то, что кромвелевские солдаты перед началом боя в полной боевой готовности пели псалмы. В начале 1644 года Кромвель получает чин генерал-лейтенанта. Второго июля на вересковой пустоши Марстон Мур, в пяти милях южнее Йорка, он одерживает блестящую победу над войсками Карла I. Более трех тысяч роялистов пали убитыми, полторы — взяты в плен, захвачено сто знамен, вся артиллерия, обозы и снаряжение. Через несколько дней сдался Йорк.
Но победы Кромвеля как будто не радуют командование армией, которое затягивает войну, боится решительных действий. Да и парламент заражен трусостью и равнодушием. Кромвель убеждает, настаивает, требует решительного сражения. Он уверен в правоте своего дела. В конце ноября он едет в Лондон и выступает в парламенте, где открыто обвиняет главнокомандующего армией графа Манчестера в трусости и предательстве. Он требует реорганизации армии и смены командования. И добивается того, что палата общин принимает «Акт о самоотречении», членам парламента запрещается занимать высшие армейские должности. Это значит, что все те, кто затягивал войну, автоматически лишаются своих постов в армии. Все, кроме самого Кромвеля. Для него, учитывая его военные заслуги, парламент делает исключение. И принимает решение о создании регулярной парламентской армии — Армии нового образца.
14 июня 1645 года эта армия под командованием Кромвеля наносит последнее сокрушительное поражение войскам короля. Кромвель писал в донесении спикеру нижней палаты: «Сэр, после трех часов упорного боя, шедшего с переменным успехом, мы рассеяли противника, убили и взяли в плен около пяти тысяч, из них много офицеров. Также было захвачено двести повозок, то есть весь обоз, и вся артиллерия. Мы преследовали врага за Харборо почти до самого Лестера, куда бежал король».
После окончания гражданской войны победоносный Кромвель приобрел в стране огромный авторитет, а его армия стала грозной силой. Это пугает пресвитерианский парламент. Он предпочитает договориться с плененным королем, а армию расформировать или послать на усмирение мятежной Ирландии. В ответ на это в армии начинается движение левеллеров — политических уравнителей. Летом 1647 года отряд корнета Джойса захватывает и перевозит в армейскую ставку плененного короля. Еще немного — и армия совсем выйдет из повиновения. Кромвель покидает Лондон и едет в расположение армии. И когда видит, что брожение там достигло наивысшего накала, что армия готова идти на Лондон и взять власть в свои руки, он переходит на ее сторону и шестого августа 1647 года во главе ее вступает в Лондон.
Но покончить с монархией, как требуют некоторые горячие головы, Кромвель еще не готов. Он начинает переговоры с Карлом, за что левеллеры объявляют его предателем. 28 октября — 11 ноября в Петни, предместье Лондона, Кромвель председательствует на заседаниях Совета армии при обсуждении проектов новой конституции. Споры становятся все ожесточеннее, Кромвель то предлагает остановиться на время, чтобы обратиться вместе к Богу и попросить у него помощи, то убеждает, что республика означает распад, гибель нации, хаос и разорение. А когда споры окончательно заходят в тупик, он распускает Совет армии и приказывает его участникам немедленно вернуться в полки к исполнению своих обязанностей. 15 ноября на армейском смотре в Уэре, где левеллеры попытались вновь выдвинуть свои требования, он в ярости поднимает коня на дыбы и с обнаженной шпагой врезается в ряды непокорных солдат. Четырех зачинщиков по его приказу хватают, их приговаривают к смертной казни. Остыв, Кромвель соглашается расстрелять только одного — на кого падет жребий.
В это время Карлу удается бежать из-под стражи на остров Уайт, роялисты в ряде мест поднимают мятежи. Английский парламент меж тем возобновляет переговоры с королем, который кажется многим куда менее опасным, чем вознесенный своими победами Кромвель. Великого генерала даже пытаются обвинить в государственной измене. Армия и народ со своей стороны требуют суда над Карлом Стюартом и продолжения революции.
20-27 января 1649 года происходят заседания Верховного суда справедливости, созданного парламентскими индепендентами и высшими офицерами. Карла обвиняют в попытке установления тирании, в уничтожении прав и вольностей народа, в кровопролитии и государственной измен. е Его приговаривают к смертной казни и 30 января публично отрубают ему голову на площади перед дворцом. В Англии устанавливается республика. При новом режиме у власти встали верхушка офицерства и новые дворяне, не заинтересованные в продолжении демократических реформ. Их своекорыстие было подвергнуто резкой критике Лилберна и других левеллеров. В своих памфлетах они писали об ухудшении положения народа в результате войны и экономического кризиса.
После установления республики Кромвель становится фактически ее правителем. В начале мая он подавляет восстание левеллеров в Бэрфорде. 19 мая 1649 года высаживается с армией в мятежной роялистской Ирландии и завоевывает ее с невероятной жестокостью. Изнуренный тяготами похода при взятии крепостей, он приказывает не щадить ни детей, ни женщин, ни стариков. Его солдаты поджигают церкви, где укрываются несчастные, грабят и уничтожают целые села. При взятии крепости Дрогеда солдаты Кромвеля по его приказу устраивают настоящую резню. Оправдываясь, он в письме ссылался на «дух Божий», который повелел ему расправиться с непокорными папистами.
В результате треть населения Ирландии погибла. Тысячи ирландцев «добровольно» покинули родину, нанявшись в ландскнехты в страны континента. Еще большее число ирландцев, включая женщин и детей, были свезены в американские колонии в качестве «белых рабов». Согласно акту «об устроении Ирландии», все владения захваченных с оружием в руках подлежали конфискации в одних случаях полностью, в других — от двух третей до одной пятой части. Однако и оставшуюся им долю они могли получать только в пустынном и бесплодном Коннауте, куда насильно переселялась основная часть туземцев. «Очищенные» таким путем земли шли на удовлетворение парламентских кредиторов и армии. В руки новых собственников переходило две трети ирландской территории.
В мае следующего, 1650 года Кромвель отправляется подавлять роялистов в Шотландию, где после казни Карла I был провозглашен королем его сын, Карл II.
Третьего сентября он одерживает крупную победу над 22-тысячной армией генерала Лесли при Денбаре, а ровно год спустя, 3 сентября 1651 года — при Вустере. Он возвращается в Лондон триумфатором. День третьего сентября становится национальным праздником Английской республики. Последние победы не только увенчали Кромвеля как победоносного вождя, но и подкрепили его уверенность в правоте своего дела. И он обращается к внутреннему устроению нации.