В конце 30-х годов Ким Ир Сен встретил свою жену — Ким Чжон Сук, дочь батрака из Северной Кореи, которая в 16 лет вступила в партизанский отряд. Правда, похоже, что в действительности Ким Чжон Сук была не первой, а второй женой Ким Ир Сена.
Его первая жена, Ким Хе Сун, тоже воевала в его отряде, но в 1940 году попала в плен. О пленении жены одного из самых известных партизанских командиров с большим триумфом сообщила японская печать. По слухам, впоследствии Ким Хе Сук жила в КНДР и занимала различные ответственные посты среднего уровня.
К концу 30-х годов положение маньчжурских партизан резко ухудшилось. Японские оккупационные власти решили покончить с партизанским движением и с этой целью в 1939–1940 годах сосредоточили в Маньчжурии значительные силы. Под натиском японцев партизаны несли тяжелые потери. К тому времени Ким Ир Сен был уже командиром 2-го оперативного района, ему подчинялись все партизанские части в провинции Цзяндао. В этой обстановке в декабре 1940 года Ким Ир Сен вместе с группой своих бойцов (около 13 человек) прорывается на север, переходит Амур и оказывается в Советском Союзе. Начинается период его эмигрантской жизни в СССР.
Подобно другим перебежчикам, Ким Ир Сен некоторое время содержался в специальном проверочном лагере. Через несколько месяцев 28-летний партизанский командир становится слушателем курсов при Хабаровском пехотном училище, на которых учится до весны 1942 года. Личная жизнь его складывалась удачно. В феврале 1942 года Ким Чжон Сук родила сына, которого назвали русским именем Юра.
Весной — летом 1942 года советское командование сформировало из перешедших на советскую территорию маньчжурских партизан отдельную стрелковую бригаду, которая располагалась в поселке Вятск (Вятское) близ Хабаровска. Именно в эту бригаду летом 1942 года получил назначение молодой капитан Советской Армии Ким Ир Сен, которого тогда чаще называли по китайскому чтению его именных иероглифов — Цзинь Жичэн. Немногочисленные корейцы, большая часть которых еще в 30-е годы воевала под командованием Ким Ир Сена или вместе с ним, входили в первый батальон, командиром которого и стал Ким Ир Сен.
За время жизни в Вятске у Ким Ир Сена и Ким Чжон Сук родились еще двое детей: сын и дочь. Детей называли русскими именами, и это, пожалуй, говорит о том, что в те годы для Ким Ир Сена возвращение на родину представлялось по меньшей мере проблематичным. Однако жизнь повернулась иначе.
В быстротечной войне с Японией 88-я бригада не принимала участия. Вскоре после окончания боевых действий бригада была расформирована, а ее солдаты и офицеры получили новые назначения. В большинстве своем они должны были ехать в освобожденные города Маньчжурии и Кореи, чтобы стать там помощниками советских комендантов и обеспечить взаимодействие советских военных властей с местным населением. Самым крупным из занятых советскими войсками городов был Пхеньян, а самым высокопоставленным из корейцев-офицеров 83-й бригады — Ким Ир Сен, так что нет ничего удивительного в том, что именно он был назначен помощником коменданта будущей северокорейской столицы. Вместе с рядом бойцов своего батальона в конце сентября или начале октября 1945 года Ким Ир Сен приехал в Пхеньян.
14 октября на пхеньянском стадионе в честь армии-освободительницы выступил командующий 25-й армией генерал И.М. Чистяков, который и представил собравшимся Ким Ир Сена как «национального героя» и «знаменитого партизанского вождя». После этого Ким Ир Сен произнес в честь Советской Армии речь. Так началось восхождение Ким Ир Сена к вершинам власти.
Следующим шагом стало назначение Ким Ир Сена в декабре 1945 года председателем Северокорейского оргбюро Компартии Кореи, а в феврале по решению советских военных властей он возглавил Временный народный комитет Северной Кореи — своего рода временное правительство страны. Таким образом, уже на рубеже 1945 и 1946 годов Ким Ир Сен формально стал высшим руководителем Северной Кореи.
Впрочем, едва ли Ким Ир Сена в 1946-м и даже в 1949 году можно назвать правителем Кореи в точном смысле слова. Определяющее влияние на жизнь страны оказывали тогда советские военные власти и аппарат советников. Сохранилось это положение и после 1948 года, когда на севере Корейского полуострова была провозглашена Корейская Народно-Демократическая Республика. Как и большинство высших руководителей Северной Кореи, Ким Ир Сен вместе с женой и детьми поселился в центре Пхеньяна, в одном из небольших особняков, которые раньше принадлежали высокопоставленным японским офицерам и чиновникам. Однако жизнь Ким Ир Сена в этом доме в первые годы после возвращения в Корею едва ли можно было назвать счастливой, ибо она была омрачена двумя трагедиями: летом 1947 года утонул его второй сын, Шура, а в сентябре 1949 года во время родов умерла его жена Ким Чжон Сук, с которой он прожил десять самых тяжелых лет своей жизни и теплое отношение к которой он сохранил навсегда.
По решению Потсдамской конференции Корея оказалась разделенной по 38-й параллели на советскую и американскую зоны оккупации. В результате на Юге к власти пришел Ли Сын Манн. И Пхеньян, и Сеул выдвигали претензии на то, что именно их режим является единственно законной властью на полуострове. Дело явно шло к войне.
Окончательное решение начать войну было принято, по-видимому, весной 1950 года во время визита Ким Ир Сена в Москву и его бесед со Сталиным. Однако этому визиту предшествовали долгие обсуждения, которые шли как в Москве, так и в Пхеньяне.
Тем не менее Ким Ир Сен принял самое активное участие в подготовке войны с Югом, которая началась внезапным ударом северокорейских войск ранним утром 25 июня 1950 года. На следующий день, 26 июня, Ким Ир Сен выступил по радио с обращением к народу. В нем он обвинил правительство Южной Кореи в агрессии, призвал к отпору и сообщил, что северокорейские войска начали успешное контрнаступление. Ким Ир Сен с первых дней войны занял пост Верховного Главнокомандующего. Война шла с переменным успехом, и позиции, которые с весны 1951 года занимали войска противостоящих сторон, оказались в итоге почти такими же, как те, с которых они начинали войну.
К тому времени Ким Ир Сен уже, видимо, полностью освоился со своей новой ролью и постепенно превратился в опытного политика. Говоря об особенностях индивидуального политического стиля Ким Ир Сена, следует отметить неоднократно проявлявшееся им умение лавировать, использовать противоречия как противников, так и союзников. Он не раз показывал себя неплохим мастером политической интриги.
Слабости же Ким Ир Сена связаны в первую очередь с его недостаточной общей подготовкой: он не только никогда не учился в вузе, но и не имел возможности заняться самообразованием, а все основные представления о социальной и экономической жизни были почерпнуты им частично из традиционных воззрений корейских низов, частично из политзанятий в партизанских отрядах и 88-й бригаде. Однако задача, стоявшая перед Ким Ир Сеном в начале пятидесятых годов, как раз требовала именно искусства лавирования, которым он обладал в полной мере. Речь шла о ликвидации фракций, существовавших с самого основания КНДР в северокорейском руководстве. Дело в том, что в северокорейскую элиту входили четыре группировки: «советская группировка», состоявшая из советских корейцев, направленных для работы в государственных, партийных и военных органах КНДР советскими властями, «внутренняя группировка», в которую входили бывшие подпольщики, действовавшие на территории Кореи еще до Освобождения, «яньаньская группировка», членами которой были вернувшиеся из эмиграции в Китай корейские коммунисты, «партизанская группировка», в которую входил сам Ким Ир Сен и другие участники партизанского движения тридцатых годов в Маньчжурии. Группировки эти с самого начала относились друг к другу без особой симпатии, хотя в условиях жесткого советского контроля фракционная борьба открыто проявиться не могла. Единственный путь к полновластию для Ким Ир Сена лежал через уничтожение всех группировок, кроме его собственной, партизанской, и избавление от советского и китайского контроля. Решению этой задачи он и посвятил свои основные усилия в пятидесятые годы.