В ходе боевых действий был убит конституционный президент Чили Сальвадор Альенде, который не принял предложение о капитуляции. К власти в Чили пришла военная хунта, возглавляемая генералом Аугусто Пиночетом Угарте.
Чуть ли не на следующий после переворота день Аугусто Пиночет заявил, что вооруженные силы остаются верными своему профессиональному долгу, что только чувство патриотизма, а также «марксисты и обстановка в стране» вынудили их взять власть в свои руки, что, «как только спокойствие будет восстановлено, а экономика выведена из состояния коллапса, армия вернется в казармы». Генерал даже установил срок для реализации этих целей: около 20 лет, после чего Чили вернется к демократии, но не к той, что была при Альенде, а подлинной. При этом он руководствовался в основном тем, что за этот период вырастет поколение, которое либо не будет знать периода Народного единства, либо будет иметь о нем смутные воспоминания.
Со временем генерал Пиночет сумел сосредоточить в своих руках всю полноту власти. Он превращается в национального вождя, «отца нации». Генерал Пиночет устранил всех реальных конкурентов. Генерал Густаво Ли получил отставку. Адмирал Мерино со временем был лишен всякой реальной власти. Министр внутренних дел генерал Оскар Бонилья погиб в авиакатастрофе при невыясненных обстоятельствах.
Летом 1974 года был принят декрет-закон «О юридическом статусе правящей хунты», в котором генерал Пиночет провозглашался верховным носителем власти. Он был наделен широкими полномочиями, в том числе правом единолично объявлять осадное положение, одобрять или отменять любые законы, назначать или смещать судей. В Чили устанавливается военно-авторитарный режим с внешней атрибутикой президентской республики, где власть главы государства не ограничивалась ни парламентом, ни политическими партиями.
Идеологи режима утверждали, что демократия — это роскошь, которую страна с таким уровнем развития, как Чили, не может себе позволить. Необходимо сначала подготовить экономические, социальные и культурные предпосылки для демократии.
Отныне во главу угла ставился отказ от принципа социальной справедливости и утверждение принципов свободы выбора и равенства возможностей. Была ликвидирована система представительной демократии. 21 сентября 1973 года согласно декрету-закону распускается национальный конгресс, как было заявлено, вследствие невозможности «соблюдать в настоящее время законодательные требования, предъявляемые к установленной процедуре принятия законов». По выражению Пиночета, в стране формируется новая демократия — «без плюрализма и политических партий».
Военный режим сразу же объявил состояние «внутренней войны». Генерал Пиночет заявил: «Из всех наших врагов главным и наиболее опасным является коммунистическая партия. Мы должны разрушить ее сейчас, пока она реорганизуется по всей стране. Если нам это не удастся, она рано или поздно уничтожит нас».
Ведущую роль в репрессиях играла армия. Были учреждены военные трибуналы, заменившие гражданские суды. Создается несколько концентрационных лагерей для политзаключенных, в том числе в Нисагуа и Чакабуко в пустыне Атакама на севере страны. Значительную роль в первые месяцы репрессий играли военные разведслужбы: армейская разведка, военно-морская разведка, разведка военно-воздушных сил и разведка корпуса карабинеров. Позднее специальная рабочая группа Комиссии ООН по правам человека установила, что сотрудники этих органов активно применяли физические пытки и психологическое давление к политзаключенным: лишали их еды, сна, имитировали расстрелы и пр. Однако вскоре для вождей режима становится ясно, что органы военной разведки не справляются с поставленными перед ними задачами.
В начале 1974 года начинает создаваться единый национальный разведывательный орган. Вначале был образован Национальный исполнительный секретариат по делам заключенных, а летом того же года — Управление национальной разведки (ДИНА). В число ее задач входил сбор и анализ информации, необходимой для обеспечения национальной безопасности, но вместе с тем ДИНА получила право осуществлять репрессивные акции. Руководителем ДИНА стал полковник Мануэль Контрерас Сепульведа, заместителем — Хорхе Эспиноса. К середине 70-х годов ДИНА насчитывала до пятнадцати тысяч сотрудников, многие из которых прошли подготовку в «Школе Америк» в Форт-Гулике.
Мишенью секретной службы генерала Пиночета становятся находившиеся в эмиграции противники военного правительства. По некоторым сведениям, был разработан специальный план под кодовым названием «Проект Андреа», предусматривавший убийство политических противников режима, находившихся в эмиграции. Первой жертвой стал генерал Карлос Пратс, проживавший в Аргентине. 30 сентября 1974 года вместе с женой он был взорван в собственном автомобиле прямо в центре Буэнос-Айреса.
Затем началась охота за бывшим министром обороны в правительстве Альенде, социалистом Орландо Летельером, который открыто из-за рубежа критиковал политику военного режима. 11 сентября 1976 года он был объявлен «врагом нации» и лишен чилийского гражданства, а ровно через десять дней убит агентами ДИНА в Вашингтоне. «Подвиги» ДИНА, видимо, превратили ее в одиозную организацию, и генерал Пиночет в августе 1977 года издает указ о ее роспуске. Вместо ДИНА создается Национальный информационный центр (СПИ). Первые три месяца председателем его являлся все тот же полковник Контрерас, затем его сменил генерал Одланьер Мена. Как и ДИНА, новый орган подчинялся непосредственно Аугусто Пиночету.
В 1978 году генерал Пиночет провел референдум и получил 75 процентов голосов в свою поддержку. Объективные обозреватели назвали это крупной политической победой Пиночета, чья пропаганда умело использовала антиамериканизм чилийцев, их приверженность таким ценностям, как достоинство нации и суверенитет. Впрочем, не исключалась и возможность фальсификации со стороны режима.
В августе 1980 года состоялся плебисцит по проекту конституции. «За» было подано 67 процентов голосов, «против» — 30 процентов. С марта 1981 года Конституция вступила в силу. Однако осуществление ее основных статей — о выборах, конгрессе и партиях — откладывалось на восемь лет. До тех пор полномочия конгресса осуществляла военная хунта. Аугусто Пиночет без выборов был объявлен «конституционным президентом на 8 лет с правом переизбрания на последующие 8 лет».
В 1985-м — начале 1986 годов после кратковременного подъема экономическая ситуация в стране вновь ухудшилась. Тогда же генерал Пиночет отказался ассматривать «Национальное соглашение о переходе к демократии». Два эти обстоятельства породили новый всплеск оппозиционного движения. В начале июля 1986 года в Чили прошла всеобщая забастовка. А 7 сентября все мировые телеграфные агентства передали из Чили сообщение о покушении на диктатора. Пропустив эскорт мотоциклистов, боевики перекрыли дорогу лимузину президента грузовиком с прицепом и открыли огонь. Пиночета, похоже, спасло чудо — террористов подвело оружие. Вначале гранатомет дал осечку, затем после второго выстрела граната пробила стекло, но не взорвалась.
В ходе нападения погибли пятеро охранников генерала. Сам он назвал «перстом всевышнего» то, что ему удалось невредимым вырваться из рук террористов. «Бог спас меня, — заявил Пиночет, — чтобы я мог и дальше бороться во имя отечества».
По его приказу разбитые и обгоревшие автомашины президентского кортежа были выставлены на всеобщее обозрение. Генерал подтвердил: «Твердая рука — вот единственное средство, годное в нынешней ситуации. Те, кто рассуждает о правах человека, будут выдворены из страны или отправлены за решетку».
В области экономики Пиночет выбрал наиболее жесткий и радикальный путь «чистой» транснационализации. «Чили — страна собственников, а не пролетариев», — повторял диктатор. Вокруг генерала Аугусто Пиночета сложилась группа чилийских экономистов, многие из которых учились в Чикагском университете под руководством Нобелевского лауреата профессора Милтона Фридмэна и профессора А. Харбергера.